1、种间交叉引物设计

      利用来自多个物种的序列设计扩增引物

      2、病理检测引物设计

      可以用在高保区域设计引物

      3、等位基因特效引物

      设计专用于扩增某一类相关序列中特定成员的引物

      4、软件的主要功能分四种

      即引物设计、限制性内切酶位点分析、dna 基元(motif)查找和同源性分析功能。前三种为其主要功能。此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计简并引物，另外还有序列朗读、dna 与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等等。

      5、还可以针对模板dna 的来源以相应的遗传密码规则转换dna 和氨基酸序列。

      软件共给出八种生物亚结构的不同遗传密码规则供用户选择，有纤毛虫大核(ciliate macronuclear)、无脊椎动物线粒体(invertebrate mitochondrion)、支原体(mycoplasma)、植物线粒体(plant mitochondrion)、原生动物线粒体(protozoan mitochondrion)、一般标准(standard)、脊椎动物线粒体(vertebrate mito-chondrion)和酵母线粒体(yeast mitochondrion)。