初始剧情

      二战后爱因斯坦发明了时间机器，他为了避免战争惨剧发生，便利用了自己的发明回到战争爆发前，刺杀了希特勒。这一举动成功防止了德国走上纳粹道路，但却让苏联国力大幅膨胀。战争最终依然没能避免，苏联发动了世界大战，英美等国则组成盟军与之对抗。

      苏联剧情

      罗曼诺夫表面上与盟军交好，但是暗地里却重建了军队，并任用尤里为科学部长，为苏联研发心灵控制相关的黑科技。由于盟国采取了绥靖政策，苏联的军备越来越强，最后终于抓住机会向盟军发动全面袭击。

      盟军试图组织反抗，但是这些行动都被玩家扮演的苏联指挥官逐一挫败;尤里在战争中尝试造反并杀害了罗曼诺夫，可最终还是在玩家的运筹帷幄中败下阵来。在消灭了最后一批敢于反抗苏联的残余势力后，苏联统一了地球，玩家成为苏联最高领导人。

      盟军剧情

      故事前半段和苏联线相同，但是战争爆发后，盟军并没有迅速溃退，而是在玩家扮演的指挥官领导下逐步稳住阵脚，最终还发起了反击。在战争后期，盟军利用超时空传送技术运输军队突袭莫斯科，攻进克林姆林宫活捉了罗曼诺夫。然而尤里却逃脱了抓捕，并在暗地里酝酿着一个更大的阴谋。